水系被污染后,有许多种污染物如重金属、**氯农药、重质焦油等沉积于水体底泥中。它们有可能重新返回水中,如汞可经甲基化再往水中释放剧毒的甲物质。因此水系污染底质防治工程是水系污染防治工程的重要组成部分。它包括:①对污染底质进行调查研究,以确定其污染范围和浓度、形态和分布;②调查研究水生物特别是底栖水生物如贝类、底层鱼类对底质污染物的吸收、蓄积状况和规律,并结合水文、地质等多种因素和水域功能要求确定底质中污染物的较大容许浓度;③对污染物浓度**过容许标准的底质进行处理,可使用挖掘法、粘土覆盖法、吸附法等。
在水系污染防治工程中还要考虑农田、矿山等地面径流的污染问题。